Kanunun tam anlamıyla uygulanmaya başlamasıyla birlikte 26.04.2018 tarihinde resmi gazetede, Kişisel Verileri Koruma Kurumu Teşkilat Yönetmeliği kanuna uygun olarak çıkarıldı. Bu yönetmelik ile birlikte Kişisel Verileri Koruma Kurumunun teşkilat yapısı, hizmet birimleri görevleri, yetki ve sorumlulukları ile çalışma usul ve esasları belirlendi. Teşkilat yapısı şu şekilde şekilleniyor: Kurum, kurul, başbakanlık teşkilatı ve hizmet birimleri ve görevleri (Veri Yönetim Dairesi Başkanlığı, İnceleme Dairesi Başkanlığı, Hukuk İşleri Dairesi Başkanlığı, Veri Güvenliği Ve Bilgi Sistemleri Dairesi Başkanlığı, İnsan Kaynakları Ve Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığı, Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığı ve Rehberlik, Araştırma ve Kurumsal İletişim Dairesi Başkanlığı) olmak üzere yönetmelikte 4 başlık altında toplanmış. Genel itibariyle, bu kısmen hiyerarşik sistem üzerinde teşkilatın yapısı belirlenmiş ve yönetmelikte teşkilat yapısında her bir birimin görevleri gösterilmiştir.